一、影响水稻苗期生长 正常年份，浸种催芽的水稻种子播后3～5d齐苗，而低温年份，由于播种后持续低温，水稻出苗明显延期，出苗晚，插秧时秧龄不足，苗小，苗还弱。另外，苗期低温，秧苗非常容易感染立枯病。立枯病是水稻苗期常见的病害，也是水稻苗期危害最大的病害。一旦发生，将导致成片枯死或全床死亡。低温多雨、光照不足是水稻立枯病发生的重要因素，特别是低温，影响最大。气温愈低，持续时间愈长，立枯病的发生也就愈重。当气温及土温过低时，水稻出苗慢，根系发育差，呼吸强℃小，对磷、钾的吸收能力降低，因此，抗病能力减弱。当持续低温后突然暴晴，土壤水份不足，幼苗生理失调，也常导致水稻立枯病急剧发生。因此，苗期一旦出现低温冷害天气，就应及时做好立枯病的药剂防治工作。
二、影响水稻插秧及返青分蘖期
水稻从插秧到拔节被称为返青分蘖期，这一阶段主要是长根、长叶、长分蘖。此期如果遇到低温，根、叶、蘖都将受到影响，低温的直接影响就是水稻返青慢、分蘖晚。一般情况下，水稻移栽后10d左右开始分蘖，20～25d达到分蘖盛期，30～35d到最高分蘖期，而能够成穗的有效分蘖期很短，只有5～10d，最多15d左右，此时，一旦低温，有效分蘖期延迟，有效分蘖数减少。据测定，水稻分蘖发生的最适气温为30～32℃，水温为32～34℃，最低气温为15～16℃，水温为16～17℃。当气温低于20℃、水温低于22℃时，分蘖发生将十分缓慢，甚至受到抑制。据我们调查，低温年份多数稻株每穴分蘖数都不足20个，尤其是一些分蘖力相对较差的品种，有效穗数更少，所以即使生长后期温度很高，但水稻产量也并不理想。
三、水稻生长中后期遇低温，导致病害加剧
在水稻生长的中后期遇低温，水稻易染细菌性褐斑病和稻瘟病。水稻细菌性褐斑病对水稻危害不重，只危害水稻的叶片，低温过后，将不治自愈，对产量影响不大。水稻的稻瘟病对水稻危害很重，水稻叶瘟的症状与水稻细菌性褐斑病相似，但其危害程℃要远远大于细菌性褐斑病的危害，必须引起足够重视，因为它可能诱发后期的穗颈瘟、枝梗瘟和谷粒瘟。水稻感染穗颈瘟，稻穗下折，发病早而重，稻穗抽出后便成白穗，发病晚的秕粒增多。枝梗瘟是指在水稻枝梗上发病。发病后，籽粒不能正常成熟，产生死码子，严重的形成半白穗。谷粒瘟是指在穗上有部分褐色谷粒，严重时病粒变黑。穗颈瘟、枝梗瘟、谷粒瘟对水稻的产量影响最大。一般年份减产10%以上。特殊年份，个别水稻品种发病率在50%以上，甚至达到绝收程℃。稻瘟病防重于治。但如何选择防治时间是提高防效的关键。水稻稻瘟病防治最佳时期是水稻破口期和齐穗期，此时施药，能够达到理想效果。
四、低温导致水稻秕粒增多，粒重下降
水稻开花最适宜的温度为25～30℃，最低温度为15℃，但当气温低于23℃时，植株的授粉将受到影响，秕粒增多。而籽粒灌浆结实期的最适宜温度为21～26℃，最适温度内灌浆结实，有利干物质的运输、转化与合成，促进籽粒成熟，缩短成熟期限，从而达到粒大、粒重。而此时如遇低温，将使光合作用和呼吸作用及干物质的运输受阻，粒不饱满，粒重下降。