地理信息产业目前面临三大挑战：行业无序发展苗头初现，终端消费类热点应用待培育，集成应用和创新服务待加强。 经过十多年的发展，我国地理信息产业从最初的不被多数人看好，发展到目前市场规模年均增速超过30%，并被列入国家“十二五”发展规划，上升为国家战略，地理信息产业已经成为拉动国内经济发展的新增长点。在行业发展前景一派大好的同时，我们必须看到，地理信息产业依然面临三大挑战。
首先，行业无序发展苗头初现，亟待统筹规范。2011年3月6日，我国首个国家级地理信息科技产业园在北京市顺义区开工建设，成为带动北京、辐射全国、影响世界的地理信息产业基地。同时，与地理信息产业相关的导航产业园、地理信息产业园也纷纷列入上海、深圳、重庆、武汉、浙江等省市重点建设领域。武汉打造国内领先、全球一流的地球空间信息及应用服务创新型产业集群，重庆打造西南地区、全国一流、世界领先的北斗卫星应用产业发展基地……而目前，我国地理信息产业尚处于快速发展的初期，存在大型企业少、市场环境有待规范、产业人才紧缺、北斗导航产业还存在技术和市场化风险等问题。在此背景下，地理信息产业园遍地开花，从政府角度推动招商引资、应用示范等活动，对处于快速发展时期的地理信息产业是非常有利的。但我们也应该注意要让产业有序发展，避免资源浪费现象的发生。
其次，终端消费类应用热点领域需加快培育。人们利用LBS(基于位置的服务)功能查找周边消费娱乐信息并分享自己当前所在地理位置、借助车载导航仪规划最佳行驶路线……地理信息应用已经从政府、行业应用向大众应用渗透，而LBS服务和Telematics（远程信息）服务无疑是近几年大众应用市场的热点。在美国Foursquare公司高速发展的带动下，2010年初，拉手网、玩转四方、街旁等创业公司涌现，百度、网易、腾讯、新浪、中国移动、中国联通、联想、诺基亚等企业也纷纷进军LBS市场，但商业模式不清、用户密度低、存在技术瓶颈等问题依然是挡在LBS发展进程中的重要障碍，产业发展尚处于初期。自2009年丰田将Telematics服务正式在中国汽车市场商用以来，上汽、四维图新、高德、赛格导航、中国联通、中国电信、中国移动等企业纷纷涉足该领域。
再次，“重引进、轻消化”现象普遍，集成应用和创新服务有待加强。团购、微博、搜索等互联网应用与LBS服务的深度融合。目前国内企业自主创新能力薄弱的问题依然存在，对新技术、新商业模式多处于模仿阶段，如在Foursquare模式热潮的带动下，众多企业纷纷涉足LBS业务领域，但由于产品同质化现象严重、商业模式不明朗，企业生存压力不断增大。
面对我国地理信息产业发展存在的现象及问题，为推动产业快速发展，一方面政府要大力加强规划和引导，依据各地地理信息产业发展特色和基础，指导各地产业发展，引导产业合理布局，并加大对产业的扶持和规范力度，培育地理信息市场；另一方面，企业要不断增强自身的自主创新能力，针对技术及产业发展趋势加大在科技研发方面的投入，在产业竞争与合作中不断增强企业竞争力，迅速成长为具有自主知识产权和国际竞争力的大型企业。